农业小微企业应首先向企业所在地的金融机构提出书面借款申请，金融机构在收到企业的申请后，会对企业的主体资格、基本情况、经营范围、财务状况、信用等级、发展前景、资金需求、偿还能力等进行初步调查，认定客户是否具备贷款的基本条件，做出是否受理的意见并答复企业，对于同意受理的贷款，金融机构将会要求企业提供营业执照、贷款卡、税务登记证、公司章程、近两年和最近月份财务会计报告等农发行规定的相关基本资料，在此基础上，将组织贷款调查评估、进行贷款审查、审议与审批，对于审批通过的贷款，将与企业签订正式合同，并根据企业用款进度发放贷款。贷款发放后，金融机构会根据有关规定进行贷后管理，企业需要按照合同规定积极配合。
近年来，各地在解决农民贷款难的问题上，有过许多创新的举措，主要是在抵押担保方面，对符合条件的信贷需求予以担保。
1、建立财政支持的担保公司
重庆市农业担保公司是市农委控股的国有政策性专业涉农服务机构，做为中介平台为农民贷款提供担保。
吉林省梨树县成立了国有独资物权融资公司，公司与农户签订土地流转合同后为农户贷款提供担保，如果农民及时还贷，公司将土地承包经营权还给农户，否则公司将土地发包给第三方开展农业经营，以收益还贷，第三方承包到期后土地承包经营权归还承包户。
2.以惠农补贴抵押贷款
吉林九台市探索开展惠农补贴抵押贷款，农民以未来应得的直补资金做担保向银行申请贷款，贷款额度最高可达直补金额的10倍。
3.新型农户担保方式
福建沙县采取政府注资、村财出资、村民集资等多种筹资形式，建立村级融资担保基金，为本村出资农户贷款提供担保。
4.试点农房抵押贷款
浙江省温州、台州等地，从2008年开始进行农房抵押贷款试点，办理农房抵押贷款的农户，必须是有两套或两套以上住房的农户，用第二套住房作抵押，并且能够提供土地使用证和房产权利证。
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